사건 정보

2022두33811 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 등 (나) 상고기각

2026-10-30 선고

핵심 쟁점

법인이 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것이 적법한지 여부 등이 문제 된 사건

판단 기준

  1. 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소된 경우 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 있는지 여부(소극) 및 행정소송법 제13조 제1항에서 정한 '그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때'의 의미, 2. 법인이 분식회계로 과다 납부한 세액의 감액경정 및 환급을 청구한 후 환급방법에 관한 법률조항이 개정된 경우 과세관청이 감액경정을 하면서 관련 부칙규정에 따라 개정 후 법률조항에 따른 환급방법을 적용한 것이 적법한지 여부(원칙적 적극), 3. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16608호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항에서 정한 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’의 의미 및 그 비용에 해당하는지 판단하는 방법 및 사회질서에 위반하여 지출된 비용이 위 조항에서 정한 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이나 ‘수익과 직접 관련된 비용’에 해당하는지 여부(원칙적 소극), 법인의 대표자 등의 주도로 분식회계가 이루어지고, 이를 기초로 한 성과급의 지급이 배임적인 것으로 평가되는 경우, 이러한 성과급은 사회질서를 위반하여 지출된 비용으로서 손금에 산입할 수 없는지 여부(적극), 4. 법인세법상 이자채권의 권리확정 여부에 대한 판단 기준

사건 경과

원고(조선업체)는 분식회계를 통하여 영업이익이 적자인데도 흑자인 것처럼 꾸며오다가, 분식회계가 발각되자 재무제표를 정정공시한 다음 당시 관할 세무서장인 피고 A 세무서장에게 분식회계로 법인세 과세표준ㆍ세액이 과다 신고ㆍ납부되었다는 이유로 2013ㆍ2014 사업연도 법인세 등에 대한 감액경정 및 환급청구를 하였고, 피고 A 세무서장이 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 통지하지 않자 간주 거부처분에 대하여 불복을 제기하였음. 이후 분식회계로 과다 납부한 세액의 환급방법에 관하여, 개정 전 세액공제환급 규정(5년간 세액공제 후 환급)이 개정 후 세액공제환급 규정(기간 제한 없이 세액공제만 허용)으로 개정되었는데, 원고의 본점 이전 후의 관할 세무서장인 피고 B 세무서장은 ① 분식회계로 성과급 지급 조건을 충족한 것처럼 꾸며 임직원들에게 지급한 성과상여금 손금불산입, ② 경영난을 겪는 선주사들에 상환 기간을 유예해주면서 받기로 약정하고도 익금에 산입하지 않은 미수이자 익금산입, ③ 아랍에미리트 소재 회사에 지급한 컨설팅 자문료 손금불산입, ④ 자회사에 지급한 비교적 고가의 설계용역비 부당행위계산 부인 후 손금불산입, ⑤ 퇴직 임원 등을 고문으로 선임한 후 지급한 고문료 손금불산입 등을 하여 원고의 경정청구 중 일부를 거부하고 원고의 2013ㆍ2014 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 일부 감액경정하면서, 감액된 세액의 환급에 관하여 개정 후 세액공제환급 규정에 따라 세액공제 방식을 적용하였음. 한편, 피고 A세무서장은 원고가 사내협력사에 지원금으로 지급하여 매입세액 공제받았던 금액 및 원고 소속 직원이 자금 착복 과정에서 허위의 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제받았던 금액을 매입세액 불공제하여 2012년 1기~2015년 2기 각 부가가치세를 부과한 사안임

원심은 쟁점별로 다음과 같이 판단하였음

대법원 판단

대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함